Все католические миссионеры, последовавшие за Франсиско Писарро, стремились уничтожить записи о древних инкских верованиях и культуре. Многие древние легенды сохранились среди коренного населения Перу, некоторая информация об инкской мифологии дошла из записей самих католических миссионеров — в основном, это произведения (в хронологическом порядке):
Сьеса де Леона,
Хуана де Бетансоса,
Кристобаля де Молины,
Бласа Валера,
Пабло Хосе де Арриага.
Франсиско де Авенданьо,
Франсиско де Авилы,
Пачакути Ямки,
Фернандо де Монтесиноса,
Большинство остальных авторов лишь заимствовали одни и те же истории, разведанные этими историками и миссионерами, часто путая и меняя как действующих лиц, так и место и время действия легенд и мифов. Практически все легенды содержат историческое зерно, но установить времена и эпоху по ним крайне непросто, так как миссионеры нечасто вдавались в глубокий анализ, но при этом изрядно добавляли христианское видение.
Пантеон инков достаточно многообразен, у некоторых богов повторяются обязанности. Это объясняется политикой инков в отношении завоёванных ими народов: они никогда не стремились запретить иные верования и богов, а наоборот, включали их в свой пантеон.
Важную роль у инков играли скалы и горы, многие из которых считались святыми. Эти места назывались «уака». Бернабе Кобо насчитал около 350 таких «уака», стоящих на топографических линиях секе, только в окрестностях Куско. Мачу Пикчу, например, одна из таких уака, но относящихся уже к топографии Империи.
Многие из природных объектов считались «уака», то есть святыми. Уака могли быть скалами, камнями, пещерами, холмами, утёсами, домами и ручьями, а также мумиями. Особую роль играли мумии правителей, поскольку в них была кровь Инти. Многие из инскких «уака» почитаются коренными народами Перу до сих пор.
Инкская мифология непосредственно связана с космологией, поскольку каждая уака отражала некое небесное тело или явление. Это нашло отражение во многих легендах, где при сотворении мира небесные объекты сошли под землю, а потом вновь вышли из скал, пещер, родников, то есть каждой уака. Из них же, по представлениям инков, вышли различные народы.
Специалистами в астрономии были Философы — амаута, они же были и астрологами. В частности, благодаря им и удалось собрать сведения по мифологии.
Первостепенным небесным объектом здесь считается Млечный Путь («Майю» — Река), на котором или вблизи которого расположены все более мелкие значимые объекты. Положения Майю в периоды, когда в результате вращения земли ось Млечного Пути максимально отклоняется в ту или в другую сторону от линии Север—Юг, отмечают границы, членящие мир на четыре сектора. На земле примерно под тем же углом пересекаются две центральные улицы селения (и продолжающие их дороги) и оросительные каналы.
Небесная река отражается или продолжается на земле в виде Вильканоты (Урубамбы) — главной водной артерии области Куско, текущей с юго-востока на северо-запад. Считается, что солнце совершает свой ночной путь под дном Вильканоты и насыщается её водами. Зимой в сухой (и холодный) сезон солнце пьёт мало и поэтому остывает.
Инкских сведений о звёздах сохранилось немного. Так, наибольший перечень звёзд привёл испанский юрист Хуан Поло де Ондегардо, описывавший в 1559 году обряды индейцев в Перу в своём трактате «Заблуждения и суеверные обряды индейцев»:
Из звёзд обычно все поклонялись той, которую они называют Колька, а мы называем Плеяды. И остальные звёзды почитались, особенно, когда им казалось, что они были необходимы для их защиты. Потому что различные звёзды они наделяли различными функциями. И потому Пастухи совершают преклонение и жертвоприношение одной звезде, которую они называют Уркучильай, это, как они говорят, баран из многочисленных оттенков, в чьём ведении находится сохранение скота, и считается, что это то, что Астрологи называют Лира. И они же поклоняются двум другим, которые проходят возле неё, называющиеся Катучильяй и Уркучильай, которых они изображают в виде овцы с барашком. Другие, живущие в гористых местностях, поклоняются иной звезде, называющейся Чуки чинчай; это, как они говорят, Тигр, в чьём ведении находятся Тигры, Медведи и Львы. Также они поклоняются другой звезде, называющейся Анкочинчай, оберегающей других животных. Точно также они поклоняются другой [звезде], под названием Мачакуай, в ведении которой находятся Ужи и Змеи, чтобы они им не причиняли вреда; и особенно все животные и птицы, обитающие на земле, они верили, что одно их подобие прибывало на небе, чьей заботой было их размножение и прирост. И так у них обстояло дело с различными звёздами, как с той, которую называют Чакама, и Топаторка, Мамана, и Мирко, Микикирай, и равным образом другие.
По легенде, основателем государства инков Тауантинсуйу был Манко Капак, легендарный правитель, произошедший, как считается, от бога Солнца Инти и богини Луны Мама Килья. По другим версиям, он происходил от бога Виракочи или же вышел из вод озера Титикака. Существует много версий прихода к власти Манко Капака. По одной из них, он был создан богом Инти вместе с его братом Пача Капаком и отправлен на землю вместе с другими братьями и сёстрами для того, чтобы основать храм в честь отца — бога Солнца Инти. На земле они воплотились в пещере, и во время передвижения по пещерам к месту основания храма Куско один из братьев Манко Капака превратился в камень. В другом варианте этой легенды они воплотились из озера Титикака.
Пространство в мифологии инков состоит из трёх миров: подземный мир мёртвых и нерождённых Уку Пача, земной мир, в котором и жили инки, называвшийся Кай Пача, и высший мир, где обитают верховные боги Инти, Виракоча, Мама Килья, Пача Камак, Мама Коча и Ильяпа. До сих пор в языке кечуа слово «пача» означает время или пространство. В мифах по этому поводу имеется пословица: «Этот мир также уходит в иной мир», что можно понимать и как пространство и как время.