По окончании училища служил в министерстве юстиции (в одном департаменте с Чайковским), службой не увлекался, вёл жизнь «золотой молодёжи»; в 1862 году Апухтин, Чайковский и ряд других правоведов попали в гомосексуальный скандал в ресторане «Шотан» и были «ославлены на весь город».
С 1862 года жил в родовом имении в Орловской губернии; в 1863—1865 годах числился старшим чиновником особых поручений при губернаторе; затем в Петербурге числился чиновником министерства внутренних дел. По служебным надобностям несколько раз выезжал за границу.
Уже в 1870-х годах у него началось болезненное ожирение, которое в последние десять лет его жизни приняло колоссальные размеры. За два года до смерти Апухтин заболел также водянкой. Конец жизни он провёл практически дома, с трудом двигаясь.