Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства в государстве и независимость духовного чина от светской власти. Особой чистке подвергались монастыри. Монахам было приказано оставаться постоянно в тех монастырях, где их застанут особые переписчики, посланные Монастырским приказом. Из монастырей выселили всех непостриженных. Женским монастырям позволили постригать в монахини только женщин после сорокалетнего возраста. Хозяйство монастырей было отдано под надзор и контроль Монастырского приказа. В богадельнях было приказано оставить только действительно больных и немощных. Наконец, указом 30 декабря 1701 года определялось давать монашествующим денежное и хлебное жалование из доходов монастыря, а вотчинами и угодьями монахам впредь не владеть.
Ряд дальнейших мер облегчал жестокость преследования раскольников и разрешал свободное исповедание своей веры иностранцам, как католикам, так и протестантам всех толков. В основу этих мер лёг принцип, высказанный Петром, по обыкновению отчётливо и ярко: «Господь дал царям власть над народами, но над совестью людей властен один Христос». Согласно с этим Пётр предписал архиереям относиться к противникам Церкви с «кротостью и разумом».
Для поднятия в среде православной паствы общего уровня нравственности были изданы указы, «чтобы в городах и уездах всякого чина мужского и женского пола люди у отцов своих духовных исповедовались ежегодно», причём за уклонение от исповеди взимался штраф. Мера эта, кроме целей нравственного характера, имела в виду, главным образом, установить принадлежность данных лиц к древнему благочестию, за что они и облагались двойным налогом. Особыми указами, изданными в 1718 году, предписывалось православным обывателям непременно посещать церкви и в храмах стоять с благоговением и в безмолвии, слушая святую службу, иначе грозил штраф, взимаемый тут же в церкви особым приставленным для того «добрым человеком». Сам Пётр очень любил ознаменовывать все значимые дни своей жизни торжественными церковными служениями. Чтение по городам известия о полтавской победе, например, сопровождалось молебном и пятидневным церковным звоном.
Церковная реформа Петра I — мероприятия, осуществлённые Петром I в начале XVIII века, которые кардинально изменили управление Православной Российской Церкви, введя систему, которую некоторые исследователи полагают цезарепапистской.