В 1676 году донской атаман Михаил Самарин сжег попа Савелия за то, что он по доносу своих товарищей монахов из Хопёрской пустыни не молился за великих государей московских и монахам не велел. Однако и ранее и в дальнейшем на Дону нашли убежище многие староверы бежавшие сюда целыми деревнями, особенно после неудачного стрелецкого восстания царевны Софьи 1682 года.
Из за никонианских гонений, староверы стали считать себя воинами Иисусовыми «Христа в себе носящими», а своих гонителей «работающими Сатане».
В церквах донских "пустыней" служили по старым обрядам, не поминая при этом ни царя, ни патриарха. Староверы строили укреплённые городки на Хопре и Медведице. Только на Медведице было построено 17 таких городков. Приток староверов привёл к тому, что летом 1686 года на выборах атамана Войска Донского победил старовер Самойло Лаврентьев, настоятелем собора в войсковой столице Черкасске стал старообрядческий священник Самойло Манычский, который проповедовал, что все отпали от веры и Рим, и греки, и Москва, и только на Дону осталось благочестие.
После подавления стрелецкого восстания из Москвы пришел запрет принимать в войско не только беглых холопов, но и свободных людей.
Казаки перешедшие в никонианство были недовольны засильем старообрядцев и на Дону произошел переворот.
Зимой 1688 года староверы: походный атаман Кирей Матвеев, атаман Самойло Лавреньтев, старые казаки Лев Белгородец, Павел Чекунов и сними два попа Прокофий и Самойло обвинённые в том, что хотят отбить Дон от Москвы были схвачены , отправлены в столицу и казнены на Красной площади. Тем казакам, кто привёз раскольников были сделаны щедрые подарки, всему войску Донскому было обещана премия к жалованию в 1000 рублей, плюс 1000 четвертей (3 тонны) зерна.
В ответ казаки староверы взяли боем Евтерев и Островский городки, убив около 200 никониан, а за тем отступили на реку Куму.
Староверов Дона поддержали терские казаки обвинившие донцов в измене старинному закону «с Дона выдачи нет».
Зимой донцы при поддержке стрельцов и калмыков обложили староверский городок на реке Медведице и после долгой осады взяли убив около 300 защитников. Часть защитников с женами и детьми сожгли сами себя закрывшись в курени.
Вождь староверов Левко Маноцкий спасая своих людей заключил союз с черкесским князем Шевкалом, а за тем и с Крымским ханом. Узнав об этом в 1691 году царь Пётр Первый (1672—1725) послал на Куму боярина Басова с примирительной грамотой, где прощал раскольников, предлагал им вернуться на Дон с условием, что они перейдут в никонианство.
Казаки староверы отказались и выдвинулись в сторону болотистого устья Кубани. Шевкал, который был их союзником внезапно на них напал и до места впадения Кубани в Черное море добрались только 200 из 500 человек. Там они построили городок.
Так началось Кубанское казачество. Оно началось вовсе не с переселения на Кубань запорожцев Екатериной Второй, а с беглых донцов староверов, которые бежали от своих же казаков перешедших вслед за Москвою, в никонианство.