В апреле 1850 года саксонский суд приговорил Бакунина, вместе с Рекелем и Гейбнером, участниками восстания, к смертной казни. Бакунин, вместе с другими осужденными, подал прошение о помиловании. Смертную казнь король милостиво заменил пожизненным заключением, но 14 июня того же года передал Бакунина австрийскому правительству, также жаждавшему отплатить одному из руководителей баррикадной борьбы в Праге за причиненное беспокойство. Из саксонской крепости Кенигштейн Бакунина переправили в Пражскую крепость св. Георгия, а затем в замок Ольмюц, где его цепью приковали к стене: австрийцы опасались побега и пуще глаза стерегли своего пленника.
Военный суд в Ольмюце приговорил Бакунина к повешению и уплате судебных издержек: австрийское правительство не желало терпеть никаких убытков. В порядке милости смертная казнь заменялась пожизненным строгим тюремным заключением.
Но самые горькие испытания были впереди. «Раз ночью, — передает рассказ Бакунина Тучкова-Огарева, — он был пробужден непривычным шумом. Двери отворялись и запирались, замки щелкали; наконец, шаги идущих приблизились, разные начальники вошли в тюрьму: смотритель тюрьмы, сторожа и какой-то офицер. Бакунину приказали одеваться. «Я ужасно обрадовался, — говорил Бакунин, — расстреливать ли ведут, в другую ли тюрьму переводят — все перемена, стало, все к лучшему. Меня повезли в закрытом экипаже на железную дорогу и посадили в закрытый вагон с крошечными окнами. Вагон этот, вероятно, переставляли, когда нужно было менять поезда; меня не выводили ни на одной станции. Чтобы подышать свежим воздухом, я придумал просить поесть, но это не привело к желаемому результату, мне принесли поесть в вагон. Наконец, мы добрались до конечной цели нашего путешествия. Меня вывели скованного из темного вагона на ярко освещенный зимним солнцем дебаркадер. Окидывая беглым взглядом, я увидал русских солдат, сердце мое радостно дрогнуло, и я понял, в чем дело. Я обрадовался, как дитя, хотя не мог ожидать ничего хорошего для себя. Повели меня в отдельную комнату, явился русский офицер, и началась сдача меня, как вещи, читали официальные бумаги на немецком языке. Австрийский офицер, жиденький, сухощавый, с холодными, безжизненными глазами, стал требовать, чтобы ему возвратили цепи, надетые на меня в Австрии. Русский офицер, очень молоденький, застенчивый, с добродушным выражением в лице, тотчас согласился на обмен цепей. Сняли австрийские кандалы и немедленно надели русские. Ах, друзья, родные цепи мне показались легче, я им радовался и весело улыбался молодому офицеру, русским солдатам. Эх, ребята, — сказал я. — На свою сторону, знать, умирать». Офицер возразил: — «Не дозволяется говорить». Солдаты молча с любопытством поглядывали на меня».
Бакунина ожидала судьба, которая в силу живости и темперамента страшила его больше всего — он оказался в одиночном каземате Алексеевского равелина Петропавловской крепости.
Целых два месяца после прибытия Бакунина в Петербург его не тревожили, а предоставили самому себе. Однажды он был удостоен визита графа Алексея Федоровича Орлова — шефа жандармов и начальника III Отделения, сменившего на этом посту Бенкендорфа. Граф Орлов собственно «жандармскими» делами не занимался, предоставив их управляющему отделением генерал-лейтенанту Дубельту.
Орлов, по воспоминаниям Бакунина, был мягок, любезен и явился с поручением деликатного свойства. «Государь прислал меня к вам, — объяснил он, — и приказал вам сказать: скажи ему, чтобы он написал мне, как духовный сын пишет к духовному отцу. Хотите вы писать?». В письме своем из Иркутска Герцену и Огареву, написанном уже в 1860 году, Бакунин в таких выражениях рассказывает о том, что произошло после предложения графа Орлова.
«Я подумал немного и размыслил, что при открытом судопроизводстве, я должен бы был выдержать роль до конца. Но, что в четырех стенах, во власти медведя, я мог без стыда смягчить формы, и потому потребовал месяц времени, согласился и написал в самом деле род исповеди, нечто в роде Dichtung und Wahrheit. Действия мои были, впрочем, так открыты, что мне скрывать было нечего. Поблагодарив государя в приличных выражениях за снисходительное внимание, я прибавил: «Государь, вы хотите, чтобы я вам написал свою исповедь, хорошо, я напишу ее, но вам известно, что на духу никто не должен каяться в чужих грехах. После моего кораблекрушения у меня осталось только одно сокровище: честь и сознание, что я не изменил никому из доверившихся мне, и потому я никого называть не стану. Я рассказал Николаю после этого всю свою жизнь за границею, со всеми замыслами, впечатлениями и чувствами, при чем не обошлось для него без многих поучительных замечаний на счет его внутренней и внешней политики. Письмо мое, рассчитанное, во-первых, на ясность моего, по-видимому, безвыходного положения, с другой же — на энергический нрав Николая, было написано очень твердо, и смело и, именно потому, ему очень понравилось. За что я ему действительно благодарен, это — что он по получении его ни о чем более меня не допрашивал».
Позднее Бакунин напишет: «Не легко досталось моим освобождение меня из крепости. Государь с упорством барана отбил несколько приступов: раз вышел он к князю Горчакову (министру иностранных дел) с письмом в руках, именно с тем письмом, которое в 1851 году я написал Николаю и сказал: «Mais je ne vois pas ie moindre repentir dans cette letter» (Но я не вижу никакого раскаяния в этом письме). «Дурак, хотел «repentir» (раскаяния»)» — иронизировал Бакунин, хотя ничего героического и остроумного в таком его поведении найти невозможно. Определенная двойственность и способность к «переодеванию» будет свойственна Бакунину и в последствии.
Бакунин кривил душой и ни звуком, ни словом не упомянул об истинном содержании «Исповеди», ни об унизительных письмах графу Орлову и Александру II. Это письмо Герцену и Огареву неверно передавало смысл и содержание «Исповеди», в которой с первых же строк Бакунин сознается в тяжести содеянных преступлений и униженно раскаивается.
«Исповедь» выдержана в духе верноподданнического почтения к «великому» государю, пронизана то грубоватой, нередко тонкой лестью царю, нижайшим смирением перед его царским величием. Бакунин лукавит и признается «великому государю», что в душе его собственно против Николая «никогда не было даже тени ненависти». Столь великое смирение великого грешника достигло своей цели. Как это не покажется невероятным, но «венценосец» с каменным сердцем расчувствовался, и сделал на полях «Исповеди»: «Повинную голову меч не сечет, прости ему бог».
Как согласить их с следующими строками, какими заключил свою «Исповедь» будущий «апостол всемирного разрушения»:
«Нигде не было мне так хорошо, ни в крепости K;nigstein, ни в Австрии, как здесь в Петропавловской крепости, и дай Бог всякому свободному человеку найти такого доброго, такого человеколюбивого начальника, какого я нашел здесь к своему величайшему счастью! И не смотря на то, если б мне дали выбрать, мне кажется, что я вечному заключенью в крепости предпочел бы не только смерть, но даже телесное наказанье.
Потеряв право назвать себя верноподданным вашего императорского величества, подписываюсь от искреннего сердца, Кающийся Грешник Михаил Бакунин».
В конце концов провести царя и вырвать у него помилование Бакунину не удалось.
Николай определил пленнику то самое наказание, которого тот боялся: не каторжные работы, не телесное наказание, а вечная одиночка, вечное пожизненное тюремное заключение, без каких бы то ни было надежд на будущее.
«Он добрый и хороший малый, — передает Герцен слова, сказанные будто бы царем по прочтении «Исповеди», — но опасный человек. Его надобно держать взаперти».
И «хорошего малого» похоронили заживо.
До 1857 года просидел Бакунин в царских крепостях. Сначала местом его заключения была Петропавловская крепость. В 1854 г. Николай I, опасаясь появления английского флота в Балтийском море, перевел Бакунина в Шлиссельбург: подобно австрийцам, он дорожил своим пленником. В крепости потянулись медленные и томительные дни, с редкими свиданиями родных. Смерть Николая пробудила надежды на изменение участи заключенного. Мать его неустанно хлопотала, забрасывая просительными письмами шефа жандармов, обращаясь с просьбами к новому царю. Но новый царь хотел следовать по стопам своего отца. Он не видел «раскаяния» в «Исповеди» и отказал старухе Бакуниной.
Между тем, здоровье Бакунина в крепости пошатнулось. Могучий организм, требовавший бешеной деятельности, изнывал и разрушался от бездействия. Мускулистому гиганту, которому тесна была Европа, который не израсходовал и миллионной доли взрывчатой энергии, кипевшей в его душе, холодным и тесным гробом должен был казаться каземат Шлиссельбурга.
«Ведь, без всякого дела жить нельзя», с отчаянием, между прочим, бросил он вскользь брату Илье в одном из крепостных писем. Бакунин заболел к тому же цингой, и у него стали выпадать зубы. Когда дальнейшие хлопоты матери оказались безуспешными, Бакунин решил действовать сам — 14 февраля 1857 года обратился с униженным прошением к царю Александру II. В этом прошении, расписываясь в своем полном раскаянии и моля о прощении, — просил избавить его от одиночного тюремного заключения.