XVI век — крупный поворотный пункт исторического развития России. По обе стороны этого века, как разделительной линии, лежат две совершенно различные России: удельная раздробленная Русь и Русь московская.
Удельная Русь — хаотичный конгломерат больших и малых удельных княжеств, рассыпанных по чащобам тогдашней лесистой России, с очень слабыми задатками взаимного политического единения и с весьма настоятельными вековыми мотивами вечного взаимного соперничества.
Московская Русь — крепко сплоченное военное государство, построенное на началах сильнейшей централизации. Потребности вооруженной самообороны — вот определяющее начало московского политического устройства. Удельная свобода сменилась теперь закрепощенностью всех общественных классов государственной властью. Индивидуальный интерес отдельных княжеств и боярских группировок утонул в суровых требованиях государственной дисциплины.
Московские князья далеко не сразу выступают врагами удельных порядков. Довольно популярное воззрение, по которому Московское княжество сначала явилось колыбелью иного политического уклада сравнительно с остальною Русью удельной эпохи и московские князья вступили на политическое поприще с Новым Словом — совершенно ошибочно. Успех собирательной деятельности московских князей определен тем обстоятельством, что они победили прочих удельных князей, всецело опираясь на жестокие и враждебные удельные порядки. И уже затем, победив с помощью удельных же порядков удельных князей, они объявили войну самим удельным порядкам в расчете на объединение государства.
Веским побуждением при выборе для поселения служила в то страшное время относительная безопасность данной местности от нападений внешних врагов, которые грозили Руси с юго-востока и юго-запада — то были литовцы и татары. Скоро самым безопасным и самым привлекательным с точки зрения естественных выгод из всех удельных княжений определилось расположенное по среднему течению реки Москвы — одноименный с рекой городок этого княжения — Москва — которое упоминается летописью впервые под 1147 годом.
Москва была со всех сторон прикрыта от нападений соседними княжествами: Рязанским, Нижегородским, Ростовским, Ярославским и др. Такое счастливое положение делало край, сравнительно, безопасным, следовательно, очень привлекательным для населения. Накопление населения увеличивало число «данников» московского князя и тем обогащало его казну. Но Московский край отличался не только сравнительною безопасностью: с юго-востока на северо-запад край этот перерезывается рекой Москвой — важной передаточной торговой дорогой. Низовьями своими она входила в Рязанский край, богатый хлебом, а верховьями близко подходила к Новгородской области, главной торговой республике того времени. По Москве - реке новгородцы возили хлеб из Рязани и с Волги для торговли. Большое торговое движение по главной реке края давало заработки жителям и обогащало, благодаря пошлинам с проходящих торговых караванов, княжескую казну. Не удивительно, что слабый и незначительный некогда городок Москва начал понемногу крепнуть, расти и усиливаться. К 1300-ым годам Московское княжество является уже сильным, богатым и обширным. Первые московские князья, особенно Иван Калита (1328—1340), заботливо устраивают свой удел, переманивают к себе людей со стороны, во множестве покупают в орде у татар русских пленников и поселяют их в своем княжестве; заводят поселки, слободы, выкупают обширные земельные пространства у соседних князей, бояр, у монастырей; включая целые города с округами, даже княжества; не брезгают поживиться и силой, отнимая земли у слабых князей. Московские князья умели ладить с татарами, которые подчинили себе в то время русскую землю и брали с нее дань. Располагая большими средствами, московские князья легко подкупали татарских ханов и сумели войти в такое доверие к татарам, что те поручали московскому князю сбор дани со всей русской земли и признавали его старшим над всеми русскими князьями, главным судьей в их взаимных распрях. Все это вместе взятое подняло значение московского князя и к 1400 годам ни один князь уже не смел равняться с московским, и дело присоединения к себе уделов Москвой стало продвигаться необыкновенно быстро.
В 1463 году все князья ярославские отказались от своих уделов в пользу московского и перешли к нему на службу в Москву. Летописи рассказывают так об этом событии.
Имя Александра Фёдоровича Брюхатого (1420 — 1471) — последнего владетельного князя ярославского упоминается на страницах летописей под 1436 годом. В это время шла упорная борьба между великим князем Василием Васильевичем внуком Дмитрия Донского и дядей его князем Василием Юрьевичем Косым (Галицким). Еще раньше, в 1433 году, Василий Косой и брат его, Дмитрий Шемяка, оскорбленные на свадебном пиру великого князя Василия (мать которого, Софья Витовтовна по преданию сорвала с Косого драгоценный пояс), бежали из Москвы в Галич и по пути напали на Ярославль, пограбили посады и прихватили княжескую казну.
Потерпев в 1435 году, поражение под Ярославлем Василий Косой бежал в Кашин, отсюда — к Вологде и, наконец, в Кострому, где начал собирать войска, послав между прочим и за вятичами, которые откликнулись на его зов. Между тем великий князь московский также выступил в поход против Косого. Василий Юрьевич, готовясь к битве, послал на судах к Ярославлю отряд вятичей числом 400 человек. Предупрежденный об этом движении врагов, Александр Федорович, согласно приказанию великого князя, встал в судах с ярославцами и угличанами, в количестве 700 человек у Ярославля, в устье реки Которости. Вятичи, доплыв до устья реки Тутошны (в 26 верстах от Ярославля), не решились идти далее. Оставив свои суда, они пешими отправились на соединение с князем Галицким, но, узнав от бежавших с бою, что галицкие полки разбиты, а сам князь Василий Косой взят в плен, пустились обратно вниз по Которости. Встретив по дороге странствующего монаха, плывшего вверх по реке, вятичи запросили его, где стоит князь Александр, а узнав место стоянки князя решились на отчаянное предприятие: схватить князе заложником врасплох во время сна, чему способствовало туманное утро. Сорок вятичей незаметно пробрались к княжескому шатру, схватили князя и княгиню и на княжеских же судах стали переправляться на противоположный берег Волги. Воины князя Александра, пробудившись бросились к оружию, хватали копья, луки и стрелы и метали их в удалявшихся вятичей. Последние, подняв топоры и копья над головами пленников, угрожали, что, если хоть одна стрела будет пущена ярославцами, князь и княгиня будут убиты. Переправившись на другой берег Волги, вятичи запросили выкуп в 400 рублей. получив который не освободили пленников, а увезли их в Вятку. В мае месяце того же года великий князь Василий Васильевич, узнав об этом вероломном поступке союзников Косого, приказал ослепить последнего. Между тем вятичи, видя, что сила, остается на стороне великого князя московского отпустили пленников домой.
Это предопределило в 1463 году два важных события, изменивших судьбу Ярославля: были обретены мощи предков князя Александра Федоровича — Феодора Ростиславовича Черного и детей его, — а, главное, благодаря хлопотам великокняжеского дьяка, Алексея Полуехтова, ярославские князья миром уступили вотчины свои, конечно, за соответственное вознаграждение, великому князю московскому Ивану III.
Для управления вотчиной был назначен наместник из Москвы, однако Александр Фёдорович номинально оставался князем ярославским и проживал в городе до самой своей смерти 17 апреля (по старому стилю) 1471 года, ему, единственному из всех удельных князей, было оставлено право чеканки собственной монеты. Погребён в Спасо-Преображенском монастыре. Его единственный сын Даниил Пенко (Пенек) был наместником в Ярославле в 1496—1497 годах, а в 1500 году стал московским боярином и вошёл в Боярскую Думу.
Это мирное и стратегически важное решение о присоединении ярославских удельных княжеств к московской Руси в последствие окупится для Ярославля сторицей: во все последующие грозные времена Ярославль не подвергался гонениям со стороны московских великих князей, а многочисленным ярославским монастырям жаловались московскими царями дорогие подарки и вотчины, способствующие процветанию города.
В 1470-х годах был силой покорен Новгород, a вместе с ним в распоряжение московского князя отошли огромные пространства земель, составляющие ныне Архангельскую, Олонецкую, Вологодскую, Новгородскую, Пермскую, Вятскую области. Даже за Урал протянулась власть московского князя. В 1489 г. покорилась Тверь; в начале 1490-х годов множество мелких князей, владевших южными городами, передали свои уделы Москве. В начале 1500-х годов к Москве отошли: Рязань, Смоленск, Псков, Новгород-Северский, Стародуб со своими областями.
В конце концов, к середине XVI века — времени правления Ивана Грозного — вся великорусская земля, т. е. та часть нынешней России, на которой и по сие время обитает русский народ, собралась вокруг Москвы и из раздробленной на отдельные части, княжества, уделы, страна превратилась в одно целое, населенное одним племенем, управляемое одним князем государство, имеющее одну столицу — Moскву. Это новое государство стали называть Московским государством или Русью Московской.